醫院的污水，除一般生活污水外，還含有化學物質、放射性廢水和病原體。因此，必須經過處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來的污水，須經消毒后才可排放。無集中式污水處理設備的醫院，對有傳染性的糞便，必須單獨消毒使其無害化。常用消毒劑有漂白粉、液氯、次氯酸鈉、臭氧。對含放射性同位素的污水，應按同位素處理要求處理。醫院污水在處理過程中，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒（常用熟石灰消毒）或高溫堆肥后方可用作肥料。
1、醫院污水水質特點
醫院污水的水質特點是含有大量的病原體──病菌、病毒和寄生蟲卵。如結核病醫院污水，每升可檢出結核桿菌幾十萬至幾百萬個。醫院污水還含有消毒劑、藥劑、試劑等多種化學物質。利用放射性同位素醫療手段的醫院的污水還含有放射性物質。醫院污水的水量與醫院的性質、規模及所在地區的氣候等因素有關，按每張病床計一般為每天200～1000升。
醫院污水處理主要是消毒，即殺滅病原體。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒（見水的消毒、廢水氧化處理法）。
醫院排出的放射性廢水常用貯存衰減法處理。醫院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24鈉等是半衰期較短的同位素，因此可以將放射性污水貯存于地下專用衰變水池內,貯存時間為10倍于半衰期,把放射性濃度降到容許排放的程度。如果放射性污水的濃度很低，水量很小，也可用稀釋法處理。中國的《放射性防護規定》要求每一微居里放射性同位素達到容許排放濃度需稀釋水量1.67米3。當放射性污水濃度很高,放射性的半衰期很長，不宜用貯存法和稀釋法處理時，可用蒸發法、離子交換法或凝聚沉淀法進行分離濃縮處理（見放射性廢水處理）。
醫院污水處理過程中排出的污泥按每張病床計，每天平均為0.7～1升，含水95%，含有污水中病原體總量的70～80%，必須進行消毒處理。消毒方法有加熱消毒、化學藥劑消毒、γ射線消毒等。加熱消毒的熱源通常為蒸汽、電能或生物能（高溫堆肥），有的地區可以用太陽能?；蛘哂梅贌ㄌ幚恚ㄒ娢勰喾贌??；瘜W藥劑消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性鈉等。用漂白粉或液氯時,有效氯用量約為污泥量的2.5%。用堿性藥劑時，污泥的pH值達到12后，保持半小時以上，效果最好。γ射線消毒可用60鈷或一些裂變產物的混合物作輻射源，輻射劑量為20～30萬倫琴。用此法對污泥消毒不產生臭氣，并可改善污泥的脫水和沉降性，但費用較高。
2、醫院污水處理方法
醫院污水處理之曝氣生物濾池法
醫院污水主要來自診療室，病房，化驗室，手術室，洗衣房，行政管理部門以及食堂，宿舍等排放的污水，主要污染物為有機污染物，病原微生物及病毒。醫院污水現在只經格柵除渣及消毒后處理既排放，采用二氧化氯消毒劑，余氯和細菌學指標能達標，但有機物未被去除。為了全面達標，醫院增加了曝氣生物濾池污水處理工藝處理污水?？紤]到該醫院污水處理廠占地有限以及水中含有一定量消毒劑的特點，決定采取負荷高，占地少，對進水有機物濃度范圍適應性錢的曝氣生物濾池工藝。
曝氣生物濾池具有以下特點：
(1)有機負荷高，占地少
(2)生物量大，活性高，抗沖擊能力強
(3)具有生物降解反應與過濾雙重功能，不需二沉池
(4)由于濾料的切割作用，氧利用率高
(5)運行穩定可靠，管理方便
3、醫院污水處理之氯化法
(1)次氯酸鈉法。次氯酸鈉是普通的化學試劑，起運輸，儲存和購買都比較方便。次氯酸鈉溶于水生產次氯酸根離子，可用于消毒殺菌，但它不穩定，光照，受潮易于分解，消毒能力很弱。
(2)液氯法。液氯在水中能迅速產生次氯酸根離子。該方法目前已廣泛應用于醫院的污水消毒。液氯中有效氯含量比次氯酸鈉溶液高5-10倍，消毒能力強且價格便宜。由于氯氣是一種強刺激性有毒氣體，因此要用專用的存儲設備進行存儲。
(3)二氧化氯法。二氧化氯是一種強氧化劑，它可以殺滅細菌，繁殖體，真菌和病毒等。有關研究表明，二氧化氯溶于水后，有50%-7o%轉變為次氯酸根離子和亞氯酸根離子，對紅細胞有損害，會干擾人體對碘的吸收，還可以使血液膽固醇升高。因此，目前一般用前兩種方法處理醫院污水。